Dalším důležitým cílem provádění těžby je odstranění nemocných, poškozených a napadených stromů různými škůdci a chorobami, aby se zabránilo jejich šíření na zdravé stromy. Těžba se vždy provádí v souladu s platnými legislativními předpisy a v souladu se strategií trvale udržitelného hospodaření v lesích.
Těžební činnost na Panství Bechyně je prováděna dodavatelsky, přičemž se využívají harvestorové technologie a také tradiční způsob těžby. Významnou část dřevní hmoty, až 25 %, se přibližuje pomocí koní. Roční objem těžby se pohybuje okolo 36 000 m3. Panství Bechyně tedy dbá na to, aby byla těžba dřeva prováděna šetrným způsobem, který zajišťuje udržení zdraví lesních porostů a přírodních procesů v lesním ekosystému.